日本特許廳有一定的獨立性，是制定、修改、解釋《特許法》、《實用新案法》、《意匠法》和《商品法》的權威機構。負責法規受理、審查、批準上述四種專利的申請工作。日本特許廳下設總務部，第1至第5審查部和審判部7個部門。總務部負責人事、財會、出版、修訂工業產權法及國際聯系等事項。第1審查部負責意匠和商標的審查、批準事項；第2至第5審查部按專業分別審查和批準專利及實用新型；審判部負責處理法律訴訟。日本特許廳還有2個直屬單位：一是國際工業產權資料館，負責收集國內外工業產權的文獻資料，提供閱覽和檢索事宜；二是工業產權研究所，負責對特許廳職工的培訓工作，并受世界知識產權組織的委托或根據兩國的協議代培外國專利人員。
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